新幹線車両の在来線扱いの特急のみが走る駅です。よって厳密に言えば新幹線駅ではありません。博多から少し南に離れた所に山陽新幹線の車庫である博多総合車両所があり、その回送線を利用しています。博多総合車両所の一番端に単線ホームが1つあり、ホームからは山陽新幹線の様々な車両群を見ることが出来ます。駅の所属は新幹線同様JR西日本の駅ですが、旅行センターはJR九州系列でした。

　将来的には、博多〜博多南間は九州新幹線の一部として利用されることとなります。博多南駅は九州新幹線の本線部からは外れた博多総合車両所(新幹線の車庫)の一番端のところにあり、本線部となる予定の高架橋は現在博多南駅手前数百メートルの所で途切れています。九州鹿児島新幹線は全区間着工されていますので、この高架橋につながる日も近いでしょう。以下個人予測ですが、九州新幹線開業後の博多南駅は、現在のガーラ湯沢駅のように、支線として扱われると思われます。